Primitivamente, as terras que viriam a compor o município de Mucugê, integravam o vasto território doado pela Coroa portuguesa como sesmaria ao Sargento-Mor Francisco José da Rocha Medrado.Em 1818, os naturalistas suíços Spix e Martius verificaram a possibilidade de ocorrência de jazidas de diamantes na Serra do Sincorá e, em 1822, deram conhecimento do fato ao sesmeiro.Conta-se que alguns escravos do Sargento-Mor Francisco José da Rocha Medrado, em procura de cães de caça extraviados, deram às margens do hoje denominado rio Mucugê, onde encontraram alguns diamantes à "flor da terra" e frutos peculiares que o sesmeiro identificou como sendo "mucujês" (grafia de origem tupi-guarani); ficando assim o local identificado por este nome e confirmada a existência de pedras preciosas.Contudo, apenas em 1844, por conta de uma descoberta casual, iniciou-se a lavra de diamantes no sítio de Mucugê.Naquele ano, o tropeiro José Pereira do Prado, conhecido como Cazuza do Prado, residente na Fazenda Cascavel, viajando pelas matas de Andaraí, deparou-se com um córrego que deságua no Rio Cumbucas (provavelmente o rio Mucugê). De imediato, identificou os mesmos cascalhos que conhecia na Chapada Velha (atual Brotas de Macaúbas), ali recolhendo dois diamantes de tamanho e peso significativos.Cerca de um mês depois, em 26 de julho de 1844, organizou uma expedição exploratória de caráter sigiloso, formada por quatorze homens selecionados entre seus parentes e amigos.no entanto, um dos exploradores, Antônio da Cruz, apelidado Pedro Pereiro, quebrou involuntariamente o sigilo ao vender diamantes na Chapada Velha, sendo então acusado de roubo e assim confessando a origem das pedras, o que provocou uma grande corrida de garimpeiros para o local indicado. Deste modo, iniciou-se a exploração das jazidas de diamantes e o povoamento do sítio de Mucugê, sob a forma de "pouso de garimpeiros".Com mais esta descoberta de jazidas minerais na região, foi criada a Repartição Diamantina, cujo regulamento é de 17 de agosto de 1844; funcionando apenas a partir do ano seguinte e transferida para o município de Lençóis no ano de 1857, tendo como Inspetor o então Coronel Francisco José da Rocha Medrado.Em 17 de maio de 1847, três anos mais tarde, foi criado o povoado de Mucugê da Chapada Diamantina e, pela lei provincial 271, instituída a freguesia de São João do Paraguaçu,pertencente à Comarca de Nossa Senhora do Livramento de Rio de contas.Em 1848, foi instituída a primeira Câmara, passando o povoado à categoria de vila, sob o nome de Santa Isabel do Paraguaçu, tendo o seu território desmembrado do de Rio de Contas.Em 1852, foi iniciada a construção da igreja matriz de Santa Isabel, concluída em 1855.Em 1856, teve início a construção do Cemitério de Santa Isabel no sopé da Serra do Sincorá, em arquitetura bizantina, integrando-se notavelmente com a paisagem; com o intuito de transferir para aquele local os sepultamentos, antes realizados no terreno anexo à Igreja Matriz, por medida de segurança sanitária; sendo a obra concluída apenas no ano de 1888.Em 1867, partiu para a guerra do Paraguai o 32º batalhão de voluntários da pátria, formado por cento e doze garimpeiros e tropeiros, ficando conhecido como "batalhão treme terra", devido à sua bravura e feitos heróicos.Na década de 1870, juntamente com outros centros diamantíferos, Mucugê entrou em decadência, devido à concorrência com o comércio de diamantes sul africanos.Em 08 de outubro de 1890, a vila foi elevada a cidade com o nome de São João do Paraguaçu e, em 1891, passou a ser termo de Comarca de Andaraí.Em 1898, o solo do município foi readquirido pelo Coronel Antônio Landulpho da Rocha Medrado (Coronel Douca Medrado) que, em 1917, ao assumir o cargo de intendente, pelo decreto 55, delimitou o território municipal.Em 1907, foi instalada uma linha telegráfica no município de Machado Portela, que atendeu também a Mucugê e outros municípios da região, ampliando e melhorando assim, o sistema de comunicações.Em 1917, pela lei estadual 1226, a cidade passou a ser reconhecida pelo seu nome original: Mucugê.Em seis de junho de 1926, foi aprisionado pela Coluna Prestes, Anatalino Medrado, filho do Coronel Douca, à época, intendente de Mucugê; sendo liberto apenas quarenta e dois dias depois, em Monte Alegre.Neste mesmo ano, tropas da Coluna, o Destacamento Dutra, invadiram a cidade, sendo rechaçadas pelos chefes locais que as dizimaram, não havendo nenhuma baixa entre os seus defensores.Ainda em 1926, com a saúde debilitada, o Coronel Douca passou a intendência à responsabilidade do seu filho, Antonito Pina Medrado e partiu para Salvador com o intuito de tratar da saúde, vindo a falecer no dia 17 de dezembro de 1927.Em 1943, foi inaugurada a usina hidroelétrica, às margens do rio Paraguaçu e construída a capela de Santa Rita dos impossíveis em agradecimento, possuindo um altar em madeira talhada a canivete pelo então Juiz de direito, Dr. Heitor Mendes Chamusca, que muito se empenhoupara que a eletricidade chegasse à cidade de Mucugê.Na década de 1960, a cidade entrou em profunda decadência, sofrendo os efeitos do êxodo e passando a ter como base de sua economia a coleta e venda da sempre-viva; atividade que durou por cerca de trinta anos, até a demarcação do Parque Nacional da Chapada Diamantina, quando foi proibida por colocar em perigo de extinção esta espécie endêmica.Atualmente, com a implantação do Projeto Sempre Viva e a demarcação do Parque Municipal, em 1999, a sempre-viva está sendo cultivada em área de refúgio ecológico - projeto sustentável que beneficia a comunidade.Na década de 1980, entrou em funcionamento o posto de saúde e, posteriormente, o Hospital Augusta Medrado Matos.Em 1991, foi instalada a Comarca no município e Andaraí passou a ser termo de comarca de Mucugê, tendo os seus arquivos judiciários sido para ali transferidos.Em 1996, foi inaugurado o Centro de Cultura de Mucugê, que engloba o Arquivo Público Municipal, o Museu Histórico - institucionalizados neste mesmo ano, bem como um auditório onde são realizados eventos de interesse da comunidade e, no ano seguinte, 1998, foi restaurada a Biblioteca municipal.Em 1998, foi concluída a barragem do Apertado, favorecendo o sistema de irrigação das áreas de produção agrícola.Em 1999, entrou em funcionamento a Usina de Reciclagem e Compostagem de lixo, ampliando assim, os propósitos de proteção e preservação ambiental.Em 2002 foi inaugurada a Praça dos Garimpeiros - espaço de lazer, equipado para eventos de grande porte com uma concha acústica, boxes para venda de lanches e onde, semanalmente, é montada a feira livre que abastece a cidade.Em 2005, foi implantado o Projeto Flores.
E em 2006, José Ruben de Macedo Almeida, muda-se para Mucugê e começa a construir o REFÚGIO NA SERRA !
Em 2007, foi instituído o Museu Vivo do Garimpo, a céu aberto, na área do Parque Municipal, com ambientação natural (toca de garimpeiro) que abriga artefato de garimpagem e lapidação, mapas e reproduções de pedras preciosas de valor histórico.
